Ministerstvo zemědělství je ústředním orgánem státní správy pro zemědělství (s výjimkou ochrany zemědělského půdního fondu), pro vodní hospodářství (s výjimkou ochrany přirozené akumulace vod, ochrany vodních zdrojů a ochrany jakosti povrchových a podzemních vod) a pro potravinářský průmysl. Je rovněž ústředním orgánem státní správy lesů, myslivosti a rybářství (s výjimkou území národních parků).
Dále je ústředním orgánem státní správy ve věcech komoditních burz, které organizují obchody se zbožím pocházejícím ze zemědělské a lesní výroby, včetně výrobků vzniklých jeho zpracováním, ve věcech veterinární péče, rostlinolékařské péče, péče o potraviny, péče o ochranu zvířat proti týrání a pro ochranu práv k novým odrůdám rostlin a plemenům zvířat.
Ministerstvo zemědělství také řídí Státní zemědělskou a potravinářskou inspekci, Státní veterinární správu České republiky, Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský a Českou plemenářskou inspekci.
Ministrem zemědělství ve vládě Andreje Babiše je Miroslav Toman (ČSSD). Ministerstvo sídlí v Praze 1 na Těšnově.