V noci z 1. na 2. června 2013 překročily řeky na téměř padesáti místech České republiky třetí povodňový stupeň a byl vyhlášen stav ohrožení. Vláda ještě ve stejný den vyhlásila nouzový stav pro celé území Čech kromě Pardubického a Karlovarského kraje. O den později začala platit povodňová bdělost i pro Jihlavsko, Znojemsko a okresy na severu Olomouckého a Moravskoslezského kraje. V Čechách se stav nouze rozšířil i na Karlovarský kraj.
Dramatická byla situace v jižních Čechách, hladiny řek nebezpečně stoupaly také v Plzeňském a Ústeckém kraji. Krizovou situaci zažila také Praha.
Povodně si zatím vyžádaly osm potvrzených obětí. Čtyři lidé jsou nezvěstní.
Premiér Petr Nečas kvůli situaci svolal mimořádné jednání vlády. Ministr financí Miroslav Kalousek uvedl, že je připraven předložit i novelu zákona o státním rozpočtu a uvolnit potřebné finanční prostředky na opravu škod po povodních. Stát zatím plánuje vyčlenit 7,3 miliardy korun.
Nečas také počítá s tím, že vláda bude žádat o příspěvek z evropského Fondu solidarity, který je určen na zmírnění škod po přírodních pohromách. Mluvčí Evropské komise již oznámila, že Česká republika bude mít na příspěvek nárok.
Lidé, které postihly povodně, mohou získat na překonání nejhorší situace a zvládnutí škod mimořádnou dávku od státu. Podle ministerstva práce mohou dostat až 51 150 korun. Požádat o tuto podporu mohou svou pobočku úřadu práce. Podle mluvčího centrálního úřadu práce Jiřího Reichla se úřad chystá uvolnit také peníze pro obce, aby mohly přijmout lidi na veřejně prospěšné práce na odklízení škod.
Záplavy přerušily na řadě míst dopravu a dodávky elektřiny. Uzavřely více než 150 úseků silnic, voda ztěžuje třeba i provoz na dálnici D5 na Berounsku. Blokováno je i více než 15 železničních tratí, hlavně ve Středočeském a Jihočeském kraji. Zpoždění činí desítky minut až hodiny.
Také dopravu v Praze od pondělí komplikuje opatření kvůli povodním, především částečná uzavírka metra. To bude zavřeno do té doby, dokud hladina Vltavy neklesne, což může trvat i několik dní.
V pondělí večer (3. června) se na hlavní město začala valit vlna z Vltavské kaskády a Vltava kulminovala v úterý ráno poté, co se průtok vody zvedl téměř na dvě třetiny stavu z povodní roku 2002. Tehdy Prahou protékalo v nejhorší chvíli 5160 krychlových metrů vody za sekundu.
Podobnou situaci jako při povodních v roce 2002 zažívá pražská zoologická zahrada. Spodní část areálu je pod vodou, tentokrát se ale podařilo včas evakuovat všechna zvířata do bezpečí. Škody přesto půjdou do vysokých částek. Podle prvních odhadů dosáhnou 160 milionů korun.
Ze středy na čtvrtek byla povodňová situace nejkritičtější na severu Čech, kde Labe kulminovalo na úrovni 10,7 metru.
Výstraha před povodněmi platí od čtvrtka (6. června) už jen pro Jihočeský, Středočeský a Ústecký kraj a Prahu. Úseků českých řek na nejvyšším povodňovém stupni od středy ubylo a extrémní ohrožení zůstává jen na Kamenici v Hřensku.
Podle hasičů povodně zasáhly 700 obcí, z nichž některé už začaly s úklidem a sčítáním škod. Škody se odhadují až na desítky miliard Kč. Ministerstvo financí rozhodlo, že lidem a firmám postiženým záplavami letos odpustí část nebo celou daň z příjmu. Pojišťovny zatím evidují na 10 000 pojistných událostí.