TOP 09 získala v krajských volbách, které se konaly 12. a 13. října 2012, 3 mandáty (5% hlasů). Strana se tak umístila na šesté pozici.
Kandidátní listina:
Lídrem kandidátní listiny TOP 09 pro krajské volby 2012 v Jihočeském kraji se stal historik a poslanec Zdeněk Bezecný, který zároveň kandidoval na post hejtmana kraje. Dvojkou kandidátní listiny byl starosta Vimperka Bohumil Petrášek. Spolu s ním se na kandidátce TOP 09 objevil také lékař Vladimír Pavelka, místostarostka města Tábor Lenka Horejsková, ekonom a podnikatel Jiří Kořínek, místostarosta Písku Josef Knot nebo starosta Lišova Jiří Švec.
Volby 2008:
V posledních krajských volbách, které se konaly v roce 2008, zvítězila v Jihočeském kraji ČSSD s 22 mandáty. Hned po ní následovali občanští demokraté. V současné době v kraji vládne koalice dvou nejsilnějších stran, tedy ČSSD a ODS.
