Jan Hajda je člen ČSSD a senátorem za volební obvod Břeclav. Ve volbách, které se konaly na podzim roku 2012, obhájil svůj post. První kolo senátních voleb proběhlo 12. a 13. října. Do druhého kola postoupili Jan Hajda s 26.57 procenty hlasů a Zdeněk Tesařík za KSČM s 18.17 procenty hlasů. Hajda ve druhém kole získal 65.54 % hlasů.
V minulosti byl Jan Hajda členem komunistické strany, ale v roce 1989 vstoupil do ČSSD. V devadesátých letech se stal členem zastupitelstva obce Pavlov. Od roku 1996 je členem vedení Okresní agreární komory v Břeclavi.
Od roku 2006 zastává funkci senátora. Je předsedou Výboru pro hospodářství, zemědělství a dopravu. Je členem správní rady Národního vinařského centra.
