Vít Kaňkovský byl lídrem kandidátní listiny KDU-ČSL v kraji Vysočina v krajských volbách, které se konaly 12. a 13. října 2012.
I když je Vít Kaňkovský nestraník, rozhodl se ucházet v krajských volbách 2012 o první místo kandidátní listiny KDU-ČSL v kraji Vysočina. Jako jeden z důvodů uvedl zvyšování agresivity české politické scény. Podle názoru Víta Kaňkovského se právě KDU-ČSL snaží o kultivovanou politiku, a proto souhlasil s postem lídra kandidátky.
Již od roku 2006, těsně po ukončení kauzy heparinového vraha, zastával Vít Kaňkovský funkci ředitele Nemocnice Jihlava, Radu kraje ovšem na konci roku 2011 požádal o uvolnění z funkce. Aktuálně působí jako primář Centrálních operačních sálů a centrální sterilizace v Havlíčkově Brodě.
