Jan Horník je členem hnutí Starostové a nezávislí (STAN) a byl lídrem kandidátní listiny TOP 09 a STAN v Karlovarském kraji. Ve volbách, které proběhly 12. a 13. října 2012, získala koalice TOP 09+STAN v karlovarském zastupitelstvu 4 mandáty. Jan Horník dostal od voličů 1160 preferenčních hlasů.
Po roce 1989 výrazně napomohl obci Boží Dar k jejímu osamostatnění, a proto byl následujícího roku zvolen jejím starostou. Do krajského zastupitelstva se Horník dostal již v roce 2000, roku 2004 ho pak hlasy voličů dosadily do funkce senátora za Karlovy Vary.
Velkou pozornost věnuje Jan Horník problematice ochrany životního prostředí a právě díky tomuto zaměření byl také v rámci svého působení v Senátu pověřen zastupováním Senátu PČR v Monitorovacím výboru dotačního programu Zelená úsporám.
Senátor Jan Horník v loňském roce také naznačil, že některé zakázky Karlovarského kraje jsou zmanipulované. Výhercem soutěží se měly stát pouze firmy vyhovující ČSSD, skutečný vítěz prý čelil nátlaku a výhružkám, aby odstoupil. Mezi nespravedlivé zakázky Horník zařadil například rekonstrukci Becherovy vily v Karlových Varech.
Jako jeden z mála senátorů poslaneckého klubu TOP 09 Jan Horník plně podporoval schválení přímé volby prezidenta republiky.
