Martin Marek je občanský aktivista, předseda občanského sdružení Plzeňané, člen Dětí Země a několika dalších občanských iniciativ. V předčasných volbách do Poslanecké sněmovny kandidoval jako lídr hnutí Změna v Plzeňském kraji. To však žádné poslanecké křeslo nezískalo.
V letech 2009 až 2013 byl členem Strany zelených, za kterou v minulých volbách kandidoval do Směnovny.
Jako student právnické fakulty v Plzni byl jedním z prvních, kdo upozornil na nestandardní dění na fakultě. Vystupoval jako jeden z mluvčích studentské komory akademického senátu.