Smlouva na stavbu byla podepsána 30. října 2006 tehdejším primátorem Prahy Pavlem Bémem (ODS) a stavět se začalo následující rok. Původní termín dokončení hovořil o roce 2011, ale již od počátku celý projekt provázely komplikace.
Vzhledem ke stížnostem mnoha občanských sdružení se zdržel začátek výstavby. Problémy s financováním, odkupy pozemků a technologické komplikace přispěly k posunutí termínu na jaro 2014. Ale ani ten se nestal skutečností kvůli sporu o platnost smluv z konce roku 2013.
Po rozhodčím soudu se práce na tunelu Blanka znovu rozjely 30. dubna 2014. Ideálně měla dopravní stavba vstoupit do provozu v září 2014, nejpozději do konce roku. Ani tento termín ale nebyl dodržen. Kvůli různým nejasnostem právního a ekonomického charakteru docházelo k neustálému zpožďování a po přívalových deštích bylo odhaleno několik nedostatků v celém projektu, zejména šlo o nutnost vyměnit kabeláž tunelu.
Konečné otevření komplexu pro veřejnost bylo stanoveno na 20. září 2015 a fakticky se tak stalo o den dříve, v sobotu 19. září. Řidiči si tak mohli přes víkend zvyknout na novou stavbu. I kvůli tomu byla rychlost první dva dny omezena na 50 km/h.
Kontroverze kolem stavby - neplatné smlouvy
Vedení magistrátu v listopadu 2013 prohlásilo, že se celou dobu staví na základě neplatných smluv. S tímto tvrzením přišel primátor Tomáš Hudeček (TOP 09), který uvedl, že smlouva mezi Prahou a firmou Metrostav je od začátku neplatná. Podle kontrolního odboru magistrátu Praha stavbu nemůže dostavět ani převzít. Hudeček tvrdil, že smlouvu nikdy neprojednala ani rada, ani zastupitelstvo. Rada města sice schválila vítěze zakázky, nikdy však nerozhodla o podpisu samotné smlouvy. Náměstek Jiří Vávra (TOP 09) uvedl, že Blanka je "s největší pravděpodobností černou stavbou". Její zakonzervování by podle něj ročně vyšlo na 1,6 miliardy korun.
Zároveň reagoval Metrostav a zastupitelům Prahy avizoval, že 7. prosince 2013 přeruší výstavbu tunelu. Důvodem bylo, že magistrát stavební firmě dlužil už více než 2,1 miliardy korun. Mluvčí stavební firmy František Polák navíc řekl, že kvůli neschválení změn v projektu nemají nyní v podstatě co dělat.
Vedení magistrátu platit odmítlo právě proto, že smlouva na tunelový komplex je neplatná. Od září 2013 navíc okolnosti financování Blanky vyšetřovali kriminalisté, kteří se konkrétně zabývají podezřením ze spáchání trestného činu porušení pravidel hospodářské soutěže a trestného činu porušení povinnosti při správě cizího majetku.
Dohodu mezi magistrátem a firmou Metrostav se nakonec sjednat nepodařilo, věc tak skončila u rozhodčího soudu. Ten předběžně rozhodl, že je smlouva mezi společností Metrostav a Prahou platná. Metrostav by měl Tunel Blanka dostavět. V polovině dubna 2014 bylo stanoveno, že má Praha vyplatit 2,7 miliard korun a v průběhu stavby potom zbylých 1,34 miliard korun. Obě strany se dohodly, že od 30. dubna 2014 budou práce pokračovat.
Kontroverze kolem stavby - propad půdy
Stavbu provázelo celou dobu mnoho kontroverzí. Ekologičtí aktivisté poukazovali na to, že na některých místech se může zhoršit životní prostředí. Média upozornila také na fakt, že části stavby probíhaly bez dostatečných povolení či posouzení vlivu na životní prostředí nebo bez patřičného stavebního dozoru.
Kromě dlouhotrvajících komplikací v pražské dopravě bylo o tunelu Blanka slyšet také v souvislosti s propady půdy, které jeho hloubení způsobilo. Do července roku 2010 se půda propadla třikrát.
Nejdříve v květnu 2008, kdy v chráněném městském parku Stromovka vznikl kráter o průměru 20 metrů a hloubce přesahující 15 metrů.
V říjnu téhož roku se půda sesula opět. A opět ve Stromovce. Kráter byl ještě větší. V průměru měl 25 metrů a do hloubky 16 metrů. Na vině bylo kromě stavebních prací údajně i zemětřesení v západních Čechách, které bylo nejsilnější za posledních 26 let.
K poslednímu sesuvu půdy došlo v červenci 2010. Při ražbě tunelu se zemina propadla na rohu ulice Patočkovy a Myslbekovy. Na místě vznikl kráter o průměru asi 15 metrů. Pod nánosem zeminy uvízl bagrista, zával přežil bez vážnějších zranění.
Všechny havárie následovalo trestní oznámení. Poprvé od ekologického sdružení Arnika. Při druhém případu jej už podával tehdejší primátor Prahy Pavel Bém (ODS). Obě byla odložena. I po třetím sesuvu Bém pohrozil trestním oznámením, ale Policie ČR v listopadu věc odložila s tím, že nedošlo k naplnění skutkové podstaty trestného činu.
Kontroverze kolem stavby - cena
Celá stavba je známa především svým neustálým prodražováním. Při navrhování projektu v roce 2006 se vycházelo z ceny 17,2 miliardy korun. Přitom bylo zřejmé, že takováto cena není reálná. Tomáš Hudeček (TOP09) později upozornil na to, že Pavel Bém zřejmě uvedl cenu pouze za hrubou stavbu bez technologií, aby ji lépe protlačil zastupitelstvem.
Po následných propadech půdy, změně technologických postupů či protipovodňových opatřeních došlo k navýšení o 4 miliardy. Již v září 2011 dosahovaly odhady skutečných nákladů 37, 9 miliard Kč. Ovšem s napojením na Strahovský tunel stoupla cena až na 43 miliard korun.
Kontroverze kolem stavby - vliv na životní prostředí
Stavbu tunelového komplexu provázela od počátku jeho přípravy silná kritika ze strany občanských sdružení, ekologických aktivistů a Strany zelených kvůli tomu, že přivede další vozidla do centra Prahy a zhorší již tak nevyhovující stav. Stavba navíc nikdy neprošla posouzením vlivů na životní prostředí, což vedlo mimojiné k tomu, že v roce 2009 zrušil Městský soud v Praze zrušil stavební povolení na část inženýrských sítí stavby. Z vypracovaných studií, jež si objednal Magistrát, navíc vyplynulo, že oproti předpokladům stavba zhorší ovzduší v Praze.
Rovněž zavedení autobusových linek tunelem nebylo nikdy realizováno, neboť vysoká intenzita dopravy v tunelu vede k častým zácpám, což by vedlo k nepravidelnosti linek, a zároveň by byly linky vedoucí tunelem velmi oblíbené, což by vedlo k nárůstu nákladů na veřejnou dopravu. Mezi další negativní faktory lze uvést odmítavý postoj Prahy 6 k ukončování autobusových linek v oblasti Vítězného náměstí a nepřipravenost navazujících komunikací na průjezd autobusů.
